影响猪免疫性状的单倍型关联分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2013.06.003

畜牧兽医学报 ›› 2013, Vol. 44 ›› Issue (6): 843-852.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2013.06.003

影响猪免疫性状的单倍型关联分析

罗维真^1，2，陈少康³, 张龙超^1*，程笃学¹，颜华¹，李勇¹，王立刚¹，宋欣⁴，马小军¹，刘欣¹，李稳¹，梁晶¹，赵克斌¹，王立贤^1*

（1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193； 2. 三元种业畜牧研究院，北京100192； 3. 北京市畜牧兽医总站，北京 100107； 4. 四川农业大学动物医学院，雅安 625014）

收稿日期:2012-07-04 出版日期:2013-06-23 发布日期:2013-06-23
通讯作者: 张龙超，E-mail: lczhang@iascaas.net.cn；王立贤，E-mail：iaswlx@263.net
作者简介:罗维真（1980-），女，广东云浮人，博士，主要从事动物遗传育种方面的研究，E-mail：daisy8098@126.com;陈少康(1978-)，男，吉林扶余人，博士，主要从事猪遗传育种方面的研究，E-mail: chenshaokang-21@126.com。二者并列为第一作者
基金资助:
国家十二五科技支撑计划项目（2011BAD28B01）；现代农业产业技术体系；中国农业科学院基本科研业务增项（2012ZL069）

Haplotype Association Study for Immune Traits in Swine

LUO Wei-zhen¹^，2, CHEN Shao-kang³, ZHANG Long-chao^1*, CHENG Du-xue¹, YAN Hua¹, LI Yong¹, WANG Li-gang¹, SONG Xin⁴, MA Xiao-jun¹, LIU Xin¹, LI Wen¹, LIANG Jing¹,ZHAO Ke-bin¹, WANG Li-xian^1*

（ 1. Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China; 2. Beijing Sanyuan Breeding Technology Co., Ltd Animal Husbandry Research, Beijing100192, China; 3. Beijing General Station of Animal Husbandry and Veterinary Service, Beijing100107, China; 4. College of Veterinary Medicine, Sichuan Agricultural University, Ya’an 625014, China）

Received:2012-07-04 Online:2013-06-23 Published:2013-06-23

摘要/Abstract

摘要：

旨在缩小课题组前期全基因组关联分析（Genome-wide Association Study, GWAS）结果区间范围，为下一步大规模群体验证提供有效候选基因。应用GWAS检验出的显著SNP标记构建单倍型，在大白猪×民猪F2设计资源群体内开展其与4个血常规指标（红细胞压积（Haematocrit, HCT）、血红蛋白（Hemoglobin, HGB）、平均红细胞血红蛋白量（Mean Corpuscular Hemoglobin, MCH）、平均红细胞体积（Mean Corpuscular Volume, MCV））和3个T细胞亚群指标（CD4+CD8-CD3+、CD4-CD8+CD3+和CD4+CD8-CD3+/CD4-CD8+CD3+）合计7个免疫性状指标的关联分析，寻找显著单倍型区段中的候选基因。分析结果表明：7号染色体上的3个单倍型区段均与T细胞亚群指标关联极显著，单倍型区段3（block7-3）与HGB及HCT关联极显著；8号染色体上3个单倍型区段均与MCH和MCV关联极显著，并由此定位5个候选基因：影响T细胞亚群指标的ABCF1和PPP1R10基因，影响HGB及HCT的GRM4基因，影响MCH及MCV的ALB和AFP基因。结合上述结果及基因功能，定位的5个基因可作为候选基因开展下一步研究。

Abstract:

The aim of the present study was to narrow down the range of previous genome wide association study (GWAS) , and to provide valid candidate genes for the large-scale group validation. Seven immune traits including four blood parameters(hematocrit (HCT), hemoglobin(HGB), mean corpuscular hemoglobin (MCH), mean cell volume (MCV)) and three T lymphocyte subpopulation parameters(CD4+CD8-CD3+, CD4-CD8+CD3+ and CD4+CD8-CD3+/CD4-CD8+CD3+)were measured in a porcine intercross population(Large White×Min zhu). Six haplotype blocks were built using the significant SNPs tested in the previous GWAS. Association studies between the haplotype blocks and the immune traits were performed. The result showed that the three blocks on SSC7 were significantly associated with the three T lymphocyte subpopulation parameters, the block7-3 on SSC7 was significantly associated with HGB and HCT, and the three blocks on SSC8 were significantly associated with MCH and MCV. The six blocks contained five genes ABCF1, PPP1R10, GRM4, ALB and AFP. Combination of these results, the five genes could be used as potential candidate genes for the study on immune traits.

中图分类号:

S828
S813.3

罗维真，陈少康, 张龙超，程笃学，颜华，李勇，王立刚，宋欣，马小军，刘欣，李稳，梁晶，赵克斌，王立贤. 影响猪免疫性状的单倍型关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(6): 843-852.

LUO Wei-zhen, CHEN Shao-kang, ZHANG Long-chao, CHENG Du-xue, YAN Hua, LI Yong, WANG Li-gang, SONG Xin, MA Xiao-jun, LIU Xin, LI Wen, LIANG Jing,ZHAO Ke-bin, WANG Li-xian. Haplotype Association Study for Immune Traits in Swine[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2013, 44(6): 843-852.

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